Die Kapelle St. Nikolai wurde in der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts im Immunitätsbereich des St.-Patrokli-Stiftes süd-westlich des Kreuzganges errichtet. Erstmalige Erwähnung fand sie in einer Urkunde aus dem Jahre 1214. Es handelt sich um eine durch zwei schlanke Säulen geteilte zweischiffige Halle. Das Äußere der Kapelle ist betont schmucklos, daher verblüfft beim Betreten des Raumes der architektonische Reichtum des Inneren. Der gesamte Raum ist und wirkt höher als damals für andere vergleichbare Kapellen in Westfalen üblich.
Die Ausmalung des Chores entstand Mitte des 13. Jahrhunderts und gehört dem Zackenstil an. Nach umfangreichen vorsichtigen Restaurierungen und Reinigungen in den Jahren 1965 und 1984 erschließt sich heute der Raum wieder in seiner ursprünglichen Wirkung.
Das Altarbild entstand um 1400 und stellt den Heiligen Nikolaus und die Jungfrauenlegende dar. Der Künstler des Nikolausbildes ist wahrscheinlich Meister Conrad von Soest selbst, zumindest aber dürfte es in seinem Werkstattumkreis entstanden sein. Ebenfalls aus der ersten Hälfte es 15. Jahrhunderts stammen die Madonnenstatue am Pfeiler der Empore und eine besonders eindrucksvolle Pietà in einer Wandnische.
Die ungewöhnliche Form des Innenraumes wurde seit der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts damit erklärt, dass die Kapelle nach dem Vorbild eines Schiffes erbaut sei. Die Kaufmannsbruderschaft der Schleswigfahrer, so wurde vermutet, habe die Kapelle gestiftet, und sie sei deshalb dem Heiligen Nikolaus, dem Schutzpatron der Reisenden und Seefahrer, geweiht.
Nach neueren Forschungen ist man aber sicher, dass es sich um eine Memorien- bzw. Gedächtniskapelle für verstorbene Pröpste des St.-Patrokli-Stiftes handelt.